Kostel se nachází na rohu Lazarské a Spálené ulice. Ke kostelu se váže hned několik zajímavých, řekněme trochu temných příběhů. Pojďme se na ně podívat podrobněji.

Několikrát ukradené prsteny svatého Prospera

V roce 1927 noviny otiskují případ krádeže v tomto kostele. 19. června se za svítání po hromosvodu kostela šplhá známý lapka František Oswald. Dostává se na střechu a okénkem pokračuje na půdu kostela. Násilím otevírá dveře do chrámové lodi a tam poráží skleněnou rakev s ostatky sv. Prospera. Ze světcova prstu stahuje několik prstenů. Řádí i v dalších částech kostela. Do oka mu také padne obraz Panny Marie Pomocné, který kdysi kostelu věnovala rodina de Martini. Z obrazu, jenž představoval Madonu s dítětem, strhává náhrdelník, vyrve drahokamy a zlaté koruny, umístěné nad hlavami Marie a dítěte. Kameny odnáší, korunky ale zapomíná na oltáři. Z kostelních pokladniček odcizí ještě asi 200 korun a na hlavním oltáři vytrhává pozlacenou skříňku pro uložení nádob s eucharistií, vypáčí ji a z poškozené skříňky ukradne nádobu sloužící k uchovávání hostií. Poté stejnou cestou jakou přišel, kostel opouští. Policie po pár dnech zloděje dopadla v kavárně a provedla domovní prohlídku v jeho bytě v ulici ve Smečkách 12, kde nalezla většinu ukradených předmětů.
Sám Oswald pocházel z Bavorska a byl pro své zločiny znám po celé Evropě. Klamal hlavně svým vzhledem, protože vypadal jako vzorný student – vysoký, vytáhlý, s brýlemi s tmavými kostěnými obroučkami, na nohou lakové boty. Neviňátko ale rozhodně nebyl a skrýval u sebe dokonce revolver. Navíc, když čekal ve věznici na Pankráci na svůj rozsudek, pokusil se o útěk, při němž vážně napadl vězeňského dozorce. Za všechny tyto činy mu byl vyměřen 15.října stejného roku trest tři a půl roku těžkého žaláře.

V roce 1931 je kolem kostela znovu rušno. Nejdříve v červnu, kdy kostelník načapal dva mladistvé zlodějíčky ukryté na lešení za hlavním oltářem, kde čekali, až se kostel zamkne a budou moct nerušeně loupit a následně v srpnu, kdy kostelníka upozorňuje jedna žena na podezřelého muže pohybujícího se v šeru vedlejšího oltáře. Tentokrát se krádeži nepředešlo a obraz Panny Marie Ponocné byl znovu poškozen a zmizelo z něj několik cenných předmětů.

V roce 1936 přichází noviny Národní politika s dalším případem krádeže v tomto kostele, konkrétně 11.května. Tentokrát si lupič nepočíná tak neohrabaně jako Oswald, skleněnou rakev nerozbíjí, ale sklo pouze nařízne a víko vypáčí. A i tentokrát světce připravuje o jeho prsteny. Ne ale o všechny, některé zřejmě v šeru přehlíží. Z bezpečnostních důvodů po předchozím vloupání už jiné poklady na oltáře vráceny nebyly a tak lupič vykrádá pouze několik pokladniček a z místa činu mizí.

Ostatky sv. Prospera nalezneme v kostele dodnes, i s prsteny, jakoby se zde nic nestalo. To ovšem neplatí v případě obrazu Panny Marie Ponocné. To co nezvládli lapkové, to dokonal komunistický režim.

Temné časy v dobách komunismu

Obraz Panny Marie Ponocné totiž v kostele dnes nenajdeme. Autoři knihy Zločin & Vášeň za rady Vacátka pátrali po tom, kam se obraz poděl. Záhadu alespoň trochu rozlouskl Vladimír Kelnar, diecézní konzervátor Arcibiskupství pražského, který jim k tomu mimo jiné řekl toto:
„Kostel Nejsvětější trojice byl v roce 1978 uzavřen kvůli výstavbě metra a to byl pro komunisty jeden z důvodů, pro který neměl být již nikdy otevřen. Staticky byl narušený – stejně jako chrám Panny Marie Sněžné v sousedství  a další historické budovy, pod nimiž byly raženy tunely metra.
Sám jsem v kostele působil od roku 1992 jako administrátor, správce, který zajišťoval kompletní rekonstrukci, finanční prostředky i znovunavrácení mobiliáře a posléze znovuotevření kostela.
Mobiliář z kostela Nejsvětější trojice byl v sedmdesátých letech rozvezen do několika depozitářů, zčásti rozkraden, zčásti zničen. My jsme zahájili úsilí o jeho vypátrání, postupně jsme ho znovu svezli z různých depozitářů a úložišť. Co se nepodařilo dohledat, bylo většinou nahrazeno kopií, takže dnes můžeme hovořit víceméně o znovusestavení toho, co tam bylo před rokem 1978. Konkrétně svatý Prosper byl uložen v Emauzích. Obraz Madony v sedmdesátých letech zmizel a nebyl dodnes nalezen., čímž není vyloučeno, že se může objevit kdesi na aukci v Japonsku nebo Latinské Americe – a časem se třeba vypátrá a vrátí.“

Záhada obrazu, hlavolamu a neštěstí při oslavách

Záhada obrazu vyřešena není, ale povedlo se tu vyřešit jinou záhadu. Těsně před rekonstrukcí se v tomto kostele natáčel film Petra Kotka Záhada hlavolamu a Vojtěchu Vontovi se v něm právě zde podařilo dostat ven ježka z klece. Doporučuji shlédnout, kostel opravdu nebyl v nejlepším stavu.
A zajímavé příběhy jakoby tento kostel přitahoval. V roce 1729 při oslavách sv. Jana Nepomuckého se před jeho sochou vedle kostela, zhroutilo lešení na kterém stáli hudebníci. Nikomu se naštěstí nic nestalo, ale tento nakonec úsměvný motiv se dokonce dostal do obrazu k hrobu sv. Jana Nepomuckého ve svatovítském chrámu na Pražském hradě, mrkněte.